300年前奧特曼發現黑色神印，人類開始認識神印并發現他具有能源價值，但是卻沒有想到它的副作用是這么大（這只是當時的認識），并引發了一些列關于神印的斗爭，并在斗爭中促成了統一教。

奧特曼被代表成為了教祖，而統一教的出現也是整個游戲的一條暗線，最開始創立統一教的人極有可能甚至是一定被神印影響了神智而造成的，但是這并不代表后期的統一教徒也是如此，只是盲目的信服罷了。make us whole被當成了一種解脫，宗教總是這樣越脆弱的人越容易接受。再就是世代相傳的了。

200年前，人們通過對神印放出信號的分析發現了冰凍星球，當時人們并沒有意識到神印的嚴重性我們在飛船中看到給將軍的報告中就能發現人們其實是沖著能源來的，因為他們發現這里貌似是神印的家園。隨后噩夢發生了，估計是不斷有人被感染，出于保密等原因冰凍星球也不再接受補給（我猜的），由于人們在虛弱絕望或者心理陰暗的情況下更容易被影響神智（通過總結得出的），這樣加劇了事態的變化。人們開始意識到神印的危害，并在神印的影響下一度認為（在于艾麗相遇的那艘船上的女船長的畫）這個星球有關閉神印的辦法，但是通過神智還算清醒的諸人的研究發現，這個星球原來是有著高度文明的外星人的，他們滅絕的直接原因就是神印！而外星人們為了封印神印而做出了犧牲！代價是整個一族（外星人大門上都有寫著犧牲，外星文不認識請看資料）。以冰凍的手段封印神印，但是不知道為什么沒有進行最后一步，而關閉這臺機器的后果就是解放神印完成Make us whole！塞拉諾博士等人開始完成最后一步，只做了一把可以開啟和關閉的鑰匙，可惜的是運輸途中遭遇了意外（三代開頭的飛船）。

博士命令留守在補給站的神智還清醒的小兵甲（忘記名字了，至于為什么用他，我覺得可能是他沒有被影響吧）去取回鑰匙，于是有了三代的序章，而偏偏這時整個基地已經到了無法控制的地步，馬哈德將軍接到了五級凈化建議（在資料中我們會看到這五個級別是怎么回事，這里不說了），將軍就算知道博士這么搞有成功的希望 又怎么樣呢 他序章不就對TIM說了  XXX是個樂觀的人(XXX是博士的名字)

他話里的意思是樂觀的人是不考慮失敗的后果的  你成功了固然是拯救世界 失敗了呢???你就是毀滅世界的罪人  你一個人能承擔這樣的責任么??????  執行5號計劃能確保一切恢復舊貌 雖然非常殘酷而且治標不治本  但是成功率100%  作為統籌一切的人來說這才是最保險的選擇 將希望寄托在未來的人身上 雖然未來的人未必比他們強(比如那些統一教) 但是200年前的將軍已經作到他的最好了”馬哈德選擇了犧牲自己和整個霸主殖民地艦隊為代價拖延神印爆發的時間不被外人得知，這種犧牲何嘗不值得尊敬呢？    

幾年前，人們在神盾7上意外發現了人工痕跡，而且是人類干的，繼而意外的發現了神印，這是地球拋棄在這里的神印，可這是什么為什么會被拋棄在這里呢？這個消息傳出后很快引起了統一教的重視，派出石村號來運走神印，可惜的是悲劇的必然。于是引出了正傳中一代的故事。I叔為愛情而勇敢搏斗的故事這里就不詳細說了。

二代是一個為了活下去為了解放心中的痛苦而奮斗的故事，那些無法忘懷的人和事只能通過自己去解散，這也是為什么最后座子旁邊出現的不是尼克的原因。

三代，為了愛而奮斗的I叔依舊是以這個理由上路了，到最后可能是受前人的影響，也可能是受艾麗的影響最終升華到為了全人類而奮斗了，最終也體現了整個三代的主題“犧牲”！我說三代的主題就是犧牲！ 整個正傳三代描寫I叔的為人可為是廢了不少筆墨，但是和整個故事框架比，I叔還是太渺小了，只是他實在是太淡定了……

故事告一段落，最終I叔也沒掛，但是卻留下了更大的懸念。神印到底是什么？是誰制造了它？還是它本身就是存在于這個宇宙的？雙螺旋DNA是生命體獨有的遺傳物質，既然是遺傳物質也就好說了他的傳播，根據上邊的文字還有種種跡象看是人為制造的可能最大。而制造這東西就是為了達成一個大目的 Make us whole 只是神印要做的，而真正的make us whole 之后呢?會發生什么？ 

通過游戲我們知道神印有傳播并影響意識的能力 ，有兩種可能一是神印本身就是生命體會操縱其他生物的意識，另外一種可能就是神印也是被操縱的它只是一個載體而已，我更傾向于后者。第四代正傳我個人認為會是去追尋一切起源的戰斗，找到真正的制造者，弄清make us whole 的目的，然后想辦法徹底終結神印。其中也肯定會插入主人公與統一教的斗爭。 個人認為還可能出現統一教視角的外傳。