恐龍2開頭說卡特博士的三源發生了失控，這應該是承接了恐龍1的博士被帶回的那個劇情的。

大家都知道恐龍1有四種結局（置頂帖里有詳細的攻略 那個選GAIL的主張最后全員還都能坐飛機跑掉的結局實在是比較隱蔽 感謝雨h帶來的深入研究和攻略） 一種是任務失敗博士失蹤 在那個劇情的最后三源應該是真正失控了 然后半個島瞬間消失 不過根據另外三種劇情的情景博士應該在那之前就帶著三源的資料坐直升機跑了 這之后是如何發展的不清楚 但是博士應該最后還是被抓住了 

另外3種結局都是博士直接被帶回 三源沒有在那個島上失控 于是就可以自然承接恐龍2的劇 ZF在這之后開始了對三源的研究 最后研究過程中又發生失控了 總之無論是從恐龍1的博士逃跑還是博士被逮捕兩條劇情來出發 都是三源發生了一次大規模失控（恐龍1里有幾只恐龍被傳說到當時的時代只屬于小規模的失控） 而且只有一次失控 

但這一次失控恰恰對白堊紀開始的所有歷史都產生了影響 導致人類不會誕生 2010年的人只是認為這使得被傳送走的1300W人生命有所威脅 會泄露走三源的資料 沒有想到會產生如此可怕的影響 而2055年的人們察覺到了這點 于是開始實行方舟計劃 根據精確的計算 他們發現把白堊紀的恐龍帶到21世紀的300萬年后可以修復這一巨大漏洞 300W年后大概是按照失控造成的影響來說人類已經不存在的時代 具體原理我也解釋不了 總之就是要這樣做 而2010年的失控導致的是整片區域被傳送到了300W年后 具體為什么明明傳送到未來卻會影響到白堊紀我也解釋不了 總之這是作者的本意 何況21世紀初的人對穿越沒有什么規范的認識 況且作者不是TC人對我國的穿越學說不見得有所理解 就按他自己的意思理解好了 
這個地方千萬別糾結 我們是無法理解島國人的如此跳躍和瘋狂的思維的 

也就是說2010被送到300W年后是被2055年的人送過去的恐龍殺死的 2055年的人也是被自己帶來的恐龍殺死的 真是悲催 
然后最后提到了 方舟計劃的領導也就是2055年的男豬 他們也是因為意外導致被困在了300萬年后 而他們恰好是在2010年的人被送走前幾年到的 總之不會差太長時間 而這些人也因為血瓶不夠了跟2010年的人一樣最后還是掛了 但是他們通過冷凍讓那個他們在300W年后那個世界生的孩子活下來了 這些孩子雖然在睡眠但是卻能夠正常的進行身體的發育 而這些孩子長大以后有的會醒過來 但是是不會說話的 而且表現上來說一點也不像人 像恐龍一樣見著什么就殺 最后那個地方撿到的資料里好像也提到了有些孩子是因為基因不穩定導致一出生就不會說話 總之那些黑衣人包括男豬的女兒都是這些已經發育完的孩子 

2010年的人留下的資料也提到了他們見到了那些長大的孩子并且認出他們是從另外一個時代穿越過來的 不過無法交流 這就是有關黑衣人來歷的解釋 

在這里有關時空悖論的問題 可以用平行空間的理論來解釋 就是說300萬年后人類已經毀滅和300萬年后人類還活著這兩個空間是同時存在的 而人類已經毀滅的空間 對于人類還活著那個空間的人來說是個時空斷層 這個斷層是由于三源失控對時空進行交換產生的 而讓世界向著人類存在這一方向發展的手段就是想辦法改變時間斷層中出現的漏洞 讓世界不向斷層的方向發展 而游戲所在的空間正是這個斷層 它是客觀存在的 只是人們不希望世界向著這里發展 所以2050年的人才發動了方舟計劃。