孤島驚魂是個多結局游戲，玩家在游戲的最后會有兩個選擇，這個需要玩家自行體驗，對于通關了的玩家可以參考一下下文的不同結局解析，建議玩家親自體驗一下這款游戲的兩個結局。

結局不同選擇

主角殺死大反派后，跟弟弟回到斯特拉那兒，結果被迷魂香（或是別的啥玩意兒）弄暈了。醒來后發現自己被斯特拉綁起來了，斯特拉向主角表白：她愛上了主角，于是便讓主角走上戰士之路。

主角在斯特拉走后自己解開了綁自己雙手繩子，開始走上了戰士之路。在戰士之路上，出現了許多火焰莉莎、巨人莉莎的畫面，應該是斯特拉為了讓主角留下而在主角的戰士之路詆毀莉莎，讓主角認為莉莎便是那強大的巨人。

走過戰士之路后，主角拿起明朝古刀，就轉到處決莉莎的畫面。

選擇 【救下朋友】，主角打破了幻覺，恢復了一些理智，并沒殺死莉莎，而是把綁莉莎的繩索割開。并說道：這些罪行結束了，我不干了，不能再讓人流血了！斯特拉看到主角這樣做，再一次表白說自己愛主角。結果，丹尼斯大叔出現，羨慕嫉妒恨（之前的任務，他說幸虧斯特拉收留他，那時候他還喝了不少酒，原來是個吊絲，好像還很喜歡斯特拉）地說到：杰森，你是怎么回事！？斯特拉她救了我，救了所有人，而你卻拒絕她的愛（這才是真愛啊，為了讓自己所愛的人幸福，忍心把自己所愛給別人），啊！？（說完就用刀捅向主角）接著斯特拉沖過來擋了這致命的一刀，斯特拉又一次深情地表白道：我愛你，別離開我……主角低聲說了句“我很抱歉”之后斯特拉就死了。這是丹尼斯后悔道：我都做了什么、我都做了什么，斯特拉，求你了，別走……斯特拉，對不起，別走啊（都哭出來了），求求你了！（唉，所愛之人不早些表白，等晚了之后才…這時候，丹尼斯錯殺了女王斯特拉，即使丹尼斯不會以死謝罪，羅克亞特的人們也不會放過他的）過了一段動畫后，主角很有哲理的說到：我殺了不計其數的人，我不能就這樣的回去，我是個怪物，我依然能感覺到身體中的憤怒，但是，我還是，在心中的某些東西，比憤怒更好，還更多。接著主角的朋友們都開船走了，主角則留在島上繼續冒險，斯特拉、丹尼斯、主角朋友以后不會出現，神廟也不會再打開，而主線任務也不會再有了。

選擇 【加入斯特拉】，主角受幻覺蠱惑，認定女友莉莎是巨人，并割了女友的喉，女友跟其他朋友，包括自己的弟弟萊利都死亡了……接著出現主角跟斯特拉交配的畫面（眾目睽睽啊！），結果沒幾秒就射了，射之前，斯特拉告訴主角：主角會成為羅克亞特的王，所有的人都會效忠于他（哎？丹尼斯這個吊絲跑哪去了！）。主角射完后，已經沒有余力了，被斯特拉用明朝古刀砍中腹部，瀕臨死亡，斯特拉說：主角和她的孩子將來會成為羅克亞特的王，主角是一名戰士，死也要像個戰士（這就是主角死的原因，主角是個戰士，不能像個普通人一樣病死，而斯特拉也明白主角有主角光環，不可能在正常情況下死亡，于是趁著主角虛弱之時，用刀砍死主角，讓主角死也像個戰士一樣），你…贏了。說完主角倒下。后來按enter，主角沒死，只是暈了，斯特拉不再見主角，神廟大門永遠關閉，丹尼斯不知所向，主線任務消失。