Episode 13：Guardian III
又是我們的老朋友......第二個關卡和第九個關卡的BOSS......的加強版......（不得不說這游戲的BOSS戰設計的真那啥......）
這一場BOSS戰結合了之前兩場的特點，BOSS露出核心時會有雜兵妨礙我們，而且有光門阻擋我們進攻。而BOSS則又多了一個炸彈攻擊。場地變成了長方形，由于多了幾個柱子但機關還是4個所以來回跑動的路程也增加了。不過總體的打法沒變，注意一下雜兵和BOSS的炸彈，然后繞場跑用柱子當掩體慢慢和它耗就行。BOSS戰結束后繼續往前可以得到新武器“OXID CANNON”（類似于榴彈炮，威力極大）。進入最后一個房間后乘電梯進入下一個迷宮。

Episode 14：Lrradiated Stratum

取得地圖后向前，這時會發現敵人的攻勢明顯提升了。①是一個“Alien Artifact”。來到A房間時會出現第一個迷宮里的那個蝎子樣子的BOSS，不過這次它是當小兵出來的。因為門鎖住了，所以不能直接進入S2，只好先從A房間的下方前進。②處是一個“Health Meter”。開啟B處的機關后之前鎖著的門打開了。通過S2，③處又是一個“Alien Artifact”。C處和之前一樣，通向S3的門鎖著，我們只能先走上面的路。而這里又會出現之前的那種蝎子，上一個迷宮中的光球也會來擋路。④能得到一個“OXID CANNON'S”。來到D處打開機關就能通過S3了。這里的敵人攻擊很密集，需要小心點。⑤處是第三個“Alien Artifact”。最后來到E處調查最后一個機關后就能從下方的門出去了。之后得到一把新武器“Seeker Pod”（激光炮...）。乘坐電梯回到第二個迷宮。

Episode 15：Matrix Progenitor
從電梯下來后，右邊（地圖上面）的房間里能夠得到一個“Seeker Pod'S”。之后進入大房間開始BOSS戰。

這一個BOSS就是在UFO時候的那個家伙。老規矩打掉全部裝甲后露出核心。我們此時也有強力武器了，直接用新得到的激光炮來上3炮就能結果它。

戰斗結束后劇情自動離開這里。